IDENTIFIKASI UNIDENTIFIED GEN SITOGLOBIN (CYGB)DENGAN DESAIN PRIMER MULTIPLE ALIGNMENT DAN QPCR MRNA PADA PROSES REGENERASI JARINGAN EKOR CECAK (HEMIDACTYLUS PLATYURUS)

Saat terjadi kerusakan pada jaringan, regenerasi jaringan pada setiap organisma sangat diperlukan untuk pemulihan struktur pasca luka dan fungsi jaringan. Cecak (Hemidactylus Platyurus) termasuk kelas reptilia, memiliki kemampuan regenerasi jaringan ekor yang cukup tinggi untuk mempertahankan diri. Kejadian luka dapat menyebabkan kejadian hipoksia pada jaringan, sehingga mestimulasi ekspresi gen sitoglobin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa secara fungsional peranan sitoglobin dalam regenerasi jaringan diduga menghambat stress oksidasi pada sel satelit yang berperan dalam regenerasi sel jaringan. Sitoglobin terbukti memiliki daya afinitas tinggi terhadap besi untuk ikatan luar dan memiliki oksigen yang seimbang seperti halnya myoglobin. Oleh karena itu, diduga sitoglobin terlibat dalam difusi oksigen menuju mitokondria. Penelitian gen Cygb pada regenerasi jaringan ini menggunakan ekor cecak, namun gen Cygb pada cecak belum teridentifikasi. Proses identifikasi gen dapat dilakukan dengan metoda multiple alignment dari kekerabatan terdekatnya dengan mencari kesamaan terhadap sekuen lainnya di pusat data GeneBank. Perangkat lunak on-line yang paling banyak digunakan adalah BLAST (Basic Local Alignment Sequence Tools) dari web site blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi. Software Mega mampu mencari daerah basa yang konservasinya tinggi dengan metoda Clustal, untuk memperoleh desain primer gen Cygb menggunakan software primer 3. Hasil penelusuran dengan metoda multiple alignment diperoleh desain primer R: CTCCTCTGTACTGGCCTTGG dan F: TCCTTGTACGCAGCAGTCAC. Hasil identifikasi gen dengan metoda qPCR menunjukkan adanya amplifikasi dan ekspresi gen tersebut, yang menunjukkan keberhasilan proses identifikasi gen tersebut. Pada penelitian ini digunakan 28 ekor cecak sebagai model dan dilakukan autotomy pada ekor, dan dieutanasia pada hari ke 1, hari ke 3, hari ke 5, hari ke 8, hari ke 10, hari ke 13, hari ke 17, hari ke 21 dan hari ke 30. Hasil perhitungan ekspresi gen qPCR secara statistika dengan metoda anova, diperoleh nilai d = 0,000 yang menunjukkan adanya perbedaan ekspresi pada setiap hari pertumbuhan jarigan ekor.

1.  UEU-Research-9437-16_0061.pdf - 1253 KB